高鐵香港段工程2010年展開，原定2015年通車，因應工程延誤，最終在2018年9月開通，工程造價亦由650億元超支至封頂水平的844億元，港鐵在2015年向立法會申請追加撥款前，宣布向股東派發特別股息，作為大股東的政府收到逾195億元特別股息，政府與港鐵通過多輪磋商，最終港鐵須為工程延誤向政府支付22.5億元。

至於2012年展開的沙中綫，因應宋皇臺站發現遺蹟、會展站地盤出現戰時炸彈、紅磡站擴建工程剪短鋼筋等連串事件，屯馬綫及紅磡至金鐘的過海段均分別延誤2.5年及1.5年才通車，同時超支近110億元。政府認為港鐵過去已主動承擔沙中綫額外項目管理費用，和紅磡站擴建工程額外開支約28億元，雙方同意不作互相追討。

曾任港鐵工程師的張欣宇指這兩條鐵路均採用專營權模式，政府同時是監管者及業主，導致結算需時較一般長，但最終結算金額合乎預期。

智慧交通聯盟理事長張欣宇：「工程如遇到不可預計或對管理者或承建商而言，比較難以估計情況，一般造成額外開支都是業主去承擔。當時影響整個沙中綫工期最大的問題是，在宋皇臺找到古蹟的問題，所以沙中綫情況與高鐵情況是存在不同。究竟責任怎樣判斷？及大家各自承擔的程度多少？這牽涉很複雜的合約問題，所以最終出來這樣的數字或邏輯，雖然詳細看不到，但邏輯上大概說得通。」

而現有鐵路工程，包括古洞站、東涌綫延綫等已不再採用專營權模式，根據落實的新協議，港鐵須承擔所有建造及營運風險，包括項目超支等。