作為台灣規模最大的水庫，曾文水庫近年卻面臨極為嚴峻的沙土淤積考驗。雖然其最初的設計總容量高達7億4840萬立方公尺，但長期以來清淤速度趕不上泥沙淤積量，導致庫容量急劇縮減。到了2024年，曾文水庫的有效庫容量更是歷史性地跌破5億立方公尺大關；若單看最近五年的變化，2025年的庫容量已比2021年減少了1972萬立方公尺，反映出水庫容量持續流失的危機。
水利署南區水資源分署的數據詳細記錄了這段庫容量下降的歷程。2021年時，曾文水庫的有效庫容量尚有5億626萬立方公尺。當時台灣面臨百年大乾旱，水庫水位大幅降低，相關單位趁勢全力加速陸域清淤作業，使2022年的庫容量逆勢增加近200萬立方公尺，回升至5億824萬立方公尺。然而，隨著極端氣候與地質影響，2023年庫容量再度下滑至5億474萬立方公尺，到了2024年更一舉下探至4億9515萬立方公尺，正式失守5億大關，而去年的庫容量則進一步減少至4億8654萬立方公尺。
為了搶救水庫壽命，南區水資源分署近年積極調整並升級清淤策略。回顧過去的清淤成果，2021年的清淤量為447萬立方公尺，2022年降至355萬立方公尺，2023年則僅有246萬立方公尺。隨後水利署決定擴大採取「抽泥清淤」作業，清淤效率開始顯著提升，2024年清淤量回升至455萬立方公尺，2025年更突破至607萬立方公尺。至於今年的清淤進度，僅前8個月就已達成481萬立方公尺的優異成績。
南區水資源分署說明，目前的清淤工作採取多元工法平行推進。在今年枯水期水位較低時，團隊把握時機在蓄水範圍上游展開陸挖清淤，前8個月陸挖清淤量約達26萬立方公尺。不過，現階段最核心的清淤工法仍為可常態性運作的「抽泥清淤」，該工法每年穩定具備約530萬立方公尺的清淤能量。
為了進一步強化抽泥量能並將作業範圍向水庫上游延伸，南區水資源分署陸續建置抽泥加壓站，目前累計已有3艘加壓站投入運作。官方強調，透過不斷擴充設備與抽泥網絡，希望能大幅提升運轉效率，並將今年度的整體清淤總量目標設定為605萬立方公尺，期望藉由常態且有效率的清淤措施，逐步減緩曾文水庫的淤積趨勢，守護南台灣水資源命脈。
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