發燒、肺炎，甚至嚴重的腦膜炎，明明高度懷疑感染，但細菌培養卻一直找不到病原，病情一天一天拖下去，該怎麼辦？

傳統感染症的病原檢測，主要仰賴培養和分子生物檢測，細菌培養需要等待病原生長，通常至少需2天以上，但仍有部分細菌不易培養；分子生物學檢測（PCR）雖然速度較快、靈敏度高，但通常必須先鎖定懷疑的病原，再進行特定檢測。其他如病毒或是真菌等，都需要特殊檢測才能確定診斷，

相較於傳統檢驗方式，現在有基因定序的方式來揪出病原體，其最大的優勢在於，可以直接從檢體中廣泛搜尋細菌、病毒、真菌及寄生蟲等病原，資料庫比對範圍超過2萬種，最快約1至2天就能提供結果，為不明原因感染或病情危急的患者爭取寶貴的治療時間。

台灣感染症醫學會秘書長王永志醫師表示，基因定序並非要完全取代傳統檢驗方式，而是提供臨床醫師另一項「找答案」的工具。尤其當傳統檢驗方式找不到病原時，或是患者病情快速惡化、必須及時給予治療的時候，基因定序就可能發揮關鍵作用。

感染症治療最重要的一步，就是找出究竟是哪一種病原體造成感染，傳統上，細菌培養一直是臨床診斷的重要工具，但它本身存在一定限制。

王永志指出，第一個問題就是「不是所有病原都培養得出來」，細菌培養主要針對可以培養的細菌，但臨床上有些細菌本來就不容易培養；另外，如果感染源其實是病毒、真菌、寄生蟲等，也需要使用其他相對應的檢驗方式。

第二個限制則是「時間」，一般細菌培養通常至少需要2天以上才能逐漸獲得結果，部分病原甚至需要更久；對於病情穩定的患者而言，等待可能不是太大的問題；但對重症、病況持續惡化，甚至中樞神經感染的患者而言，每多等一天，都可能影響後續治療。

除了細菌培養，PCR也是目前感染症常見的檢驗方式，PCR具有快速、靈敏度高等優點，但前提通常是醫師必須先「懷疑某一種病原」，再使用相對應的PCR進行檢測。

基因定序的概念則不太一樣。王永志說明，病原體基因定序最大的特色就是「廣」，簡單來說，取得患者檢體後，先將屬於人體本身的基因背景去除，再分析剩餘的基因序列，接著與病原資料庫進行比對，看看檢體中究竟存在哪些細菌、病毒、真菌或寄生蟲的基因。

因此，即使一開始不知道該找哪一種病原，也有機會從大量病原資料中找到線索；「根據目前資料庫，可以比對的病原至少超過2萬種。」王永志表示，一般臨床常見的細菌、病毒等病原，基本上都涵蓋在比對範圍內。

基因定序最快1天有答案，重症患者可爭取治療時間

另外，速度也是基因定序的重要優勢，王永志指出，單就實際定序過程而言，大約1天即可完成；若加上前端檢體處理，以及後續資料分析、判讀等流程，通常約1至2天可以獲得結果。這項特性對重症患者尤其重要，舉例來說，嚴重中樞神經感染、敗血症或病情快速惡化的患者，可能沒有足夠時間逐一等待不同的傳統檢驗結果。

「有時傳統方法不是驗不出來，而是病人沒有時間等。」王永志說，因此臨床上若患者病況危急，可考慮在進行傳統細菌培養、PCR等檢驗的同時，也同步進行基因定序，盡快取得更多病原資訊。

基因定序另一項優勢，是有機會一次發現多種病原。臨床感染並不一定是「一種疾病、一種病原」，尤其免疫力較差、重症或住院患者，有可能同時存在兩種以上的細菌、病毒或真菌感染。

王永志表示，基因定序並不是找到第一種病原就停止，而是會將檢體中的相關病原基因序列進行分析，因此如果患者同時存在不同病原感染，也有機會一次被偵測出來。這對複雜感染患者而言，可以提供醫師更完整的資訊，避免只找到其中一種病原，卻忽略另一個真正影響病情的感染來源。

不過，基因定序並不是「報告出現病原名稱，就等於確診」。王永志提醒，基因定序最後得到的是病原相關的基因序列資訊，包括偵測到哪些病原、相關序列數量等，因此仍需要感染科醫師結合患者症狀、感染部位、影像及其他檢驗結果綜合判讀。

也就是說，檢驗報告是提供醫師重要線索，而不是單靠一張報告就決定診斷與治療；另一方面，陰性結果也具有臨床價值，如果基因定序沒有找到支持感染的證據，再搭配患者整體臨床表現，醫師便可能進一步思考：病人的問題是否並非感染，而是腫瘤、自體免疫疾病或其他原因造成。如此一來，也能避免醫療團隊持續在感染症方向進行大量檢查，延誤真正病因的診斷。

找到病原可精準用藥，有機會減少不必要抗生素

找得到病原的另一個重要意義，就是讓抗生素使用更精準。臨床上在病原尚未確定之前，為了避免延誤治療，醫師可能會先使用涵蓋範圍較廣的抗生素。但如果能快速確認究竟是哪一種細菌造成感染，就能進一步依據病原調整治療方向，減少不必要的廣效型抗生素使用。

反過來說，如果檢驗結果及臨床判斷顯示感染可能性低，也能成為醫師評估是否停用抗生素的參考。

王永志表示，雖然患者前期需要負擔基因定序的檢驗費用，但若能因此更早找出答案，後續可能減少不必要的藥物、檢查，甚至縮短找病因的時間，從整體醫療成本來看仍可能具有價值。

至於是不是一發燒、懷疑感染就應該直接做基因定序？王永志強調，並非如此。如果患者病況穩定，傳統檢驗仍然是重要且成熟的第一線工具，沒有必要所有感染患者一開始就接受高價的基因定序。

第一類是傳統檢驗已經做了，卻始終找不到答案。患者仍高度懷疑感染，甚至病況持續變差，此時可以透過基因定序擴大搜尋範圍，尋找原本沒有被鎖定的病原。

第二類是病情危急，沒有時間等待。例如嚴重感染、中樞神經感染或病況快速惡化的患者，可以考慮傳統檢驗與基因定序同步進行，盡可能縮短確認病原的時間。

最後王永志強調，病原體基因定序真正的價值並不是「取代所有傳統檢查」，而是在傳統方法找不到答案，或患者沒有時間等待時，多提供醫師一項快速、廣泛搜尋病原的工具。無論結果是陽性或陰性，最終目的都是幫助醫療團隊更快縮小診斷範圍，讓患者接受更適切的治療。