立法院凍結行政院長卓榮泰九到十二月的薪資，並刪除不當黨產處理委員會政務人員待遇。行政院二十七日表示，政務人員薪水是法定義務支出，依大法官解釋，立法院不可利用審查預算限制、改變其他憲政機關應有待遇，待收到立法院通過的總預算案後會審慎因應，合法合憲處理。
行政院發言人李慧芝說，行政院尚未收到立法院三讀後的總預算案，但政務人員薪水是法定義務支出，且行政院長是憲法所規定的最高行政機關首長。
政院並引用司法院大法官會議釋字第六０一號解釋，立法院不可以利用審查預算的權力，任意地改變其他憲法機關應有、依法應有的待遇，進而影響正常職權行使。
李慧芝強調，預算法第五十二條也規定，「法定預算附加條件或期限者，從其所定。但該條件或期限為法律所不許者，不在此限」，行政院會在收到立法院的總預算後，合法合憲審慎處理。
媒體追問，依法卓榮泰九月一日是否能領到薪水？李慧芝重申，依照預算法與大法官解釋，基本上立法院不能以這種方式限制、改變其他憲政機關依法應有待遇，因此行政院在收到總預算案後，會審慎因應。