衛福部考慮推動藥品差額負擔，讓堅持用原廠藥的民眾加價使用。醫界人士擔憂衝擊弱勢用藥權益，藥品和醫材不同，且慢性病患須長期使用，稍有不慎，就會造成健康不平等，也可能導致民眾覺得不加價就等於吃「次等藥」。政府若要推，應從三同藥品做起，確保同類藥品至少有一組完全不需自付差額，且品質無虞。同時，須加強民眾對學名藥的信心，否則若人人都想加價，將無從達到扶植本土藥廠的目的。
台灣醫務管理學會理事長洪子仁表示，慢性病患需長期、規律用藥，稍有不慎，就會造成健康不平等、出現長期財務負擔。民眾可能會認為，加價的原廠藥才是好藥，進而出現「有錢吃好藥、沒錢吃次級藥」的落差。
衛福部若推動藥品差額負擔，首先必須把範圍弄清楚。洪子仁認為，可從三同（同成分、同劑量、同劑型）的藥品試辦，這是比較成熟的品項。至於缺乏替代選項的突破性新藥，則不適合，應回歸HTA評估和健保給付機制，避免將財務壓力轉嫁重症病患。
洪子仁建議，衛福部應確保在同一價格群組內，至少有一組藥品完全不需付差額，且品質無虞，才能避免衝擊弱勢權益。同時，也要建立起民眾對本土高品質學名藥的信心，否則民眾若人人都要吃差額藥，甚至借錢也要吃進口藥，就難以達到扶植本土藥品的目的。
有藥師呼籲，推動藥品差額之際，醫院應釋出處方，讓慢性病患第一次領藥也能到社區藥局領。洪子仁說，要求在醫院領，是為評估病患第一次用藥是否出現不良反應，除非社區藥局的系統和醫院串接，確保有同等的安全監測，否則病患若出現狀況，醫院根本不知道。
另外，若讓病患選擇自行想用的藥，因醫院相同的藥品只會進一種，要增加品項，倉儲、行政、資訊成本，都將通通壓在醫院身上。未來，醫院也可能因民眾不想用特定的藥品，而出現許多醫療糾紛。洪子仁呼籲衛福部別走太快，應先確保制度健全，不宜貿然推動。