行政院秘書長張惇涵十一日表示，行政院已副署立法院三讀的強化國防自主暨無人載具產業發展條例，主因是國防安全及產業升級都不能等，國軍戰力能早一天形成，就會多一天嚇阻能力。行政院長卓榮泰表示，政院衡量法案內容後，認為其並未違憲，在法定期限內副署，同時呼籲立法院盡速審查後續相關五百五十九億元追加預算。
立法院通過在野版本無人機條例，明定中央政府應循年度預算程序，連六年，編列總額為二千四百億元，每年編列四百億元為原則，條例主管機關為經濟部，若涉國防軍用採購事項，主管機關為國防部。
張惇涵說，行政院版本的無人機特別條例是從國防需求出發，透過大量長單、迭代更新模式，讓國軍需要的無人機艇可以快速到位，也讓產業有可預期的訂單，敢投資、擴產、研發及培養人才。
他表示，很遺憾立法院未通過院版無人機條例，不過行政院長卓榮泰已經副署立院版本，政院也知道社會對這法案的疑慮，不會因為副署而消失，但是執政團隊對於守護國家的責任不能因此放下腳步，安全情勢不會等待政治情勢或制度完美磨合，國防安全與產業升級都不能等，國軍戰力早一天形成就多一天嚇阻。
卓榮泰在嘉義市接受媒體聯訪表示，國防安全與產業發展「不能等」，立法院卻通過採年度預算方式，非常遺憾「行政院要Ａ，立法院給Ｂ。」
卓榮泰說，行政院考慮副署或不副署只有一個原則，不能違憲違法，不能破壞權力分立，不能破壞財政紀律等各種情況下，在此條例送來的法令時間內已經副署。
卓榮泰說，未來還會提出包括五百五十九億元在內的追加預算案，已與此條例精神一致，期盼通過此條例，對行政院追加預算立法院能儘速審議通過，讓產業發展，讓台灣與國際鏈結發展國防自主。
經濟部下午表示，條例已由行政院副署並經總統公布，經濟部身為主管機關，將依法全力推動相關工作，並與產業共同深化台灣在民主供應鏈的關鍵地位。有關國防專業及軍事採購等事項，依條例由國防部主管，以便由專業單位嚴格把關，確保國家機密萬無一失。